یعقوب مشفقی فر در آذر ماه سال1340 در شهرستان مرند به دنیا آمد و 5 سال بعد پدرش از دنیا رفت و او دوران نوجوانی را به کار و کسب درآمد پرداخت. 
 
مشفقی فر سال 1362 در کنکور سراسری شرکت کرد و برای تحصیل در رشته‌ی علوم تربیتی در تربیت معلم بهشتی تبریز پذیرفته شد. او بعد از پایان دوره‌ی دو ساله، در مهر ماه سال 1364 وارد آموزش و پرورش شد. مشفقی فر علاقه‌ی خاصی به انجام کارهای هنری داشت و به همین دلیل بعد از اینکه آثارش توسط مسئولین اداره‌اش دیده شد، فعالیت‌های بخش‌های هنری اداره بر عهده‌ی او گذاشته شد. این هنرمند در مهرماه سال 1371 با پذیرفته‌شدن در رشته‌ی نقاشی دانشگاه هنر تهران به اتفاق خانواده خود به تهران آمد و ماموریت تحصیلی گرفت. 

مشفقی‌فر در مدت چهار سال تحصیل در تهران فعالیت‌های هنری از جمله شرکت در نمایشگاه‌های نقاشی دو سالانه‌ی دانشجویان هنر سراسر کشور، دو سالانه‌ی نقاشی ایران و جهان اسلام (در موزه هنرهای معاصر، فرهنگستان صبا)، نقاشی دیواری برای سازمان‌ها و ارگان‌های مختلف را انجام داد. او در سال 1375 از دانشگاه هنر فارغ‌التحصیل شد. مشفقی فر به دلیل مشکلات مختلف زندگی اعم از ساختن خانه و رفتن زیر بار بدهی برای ادامه‌ی تحصیل در مقطع کارشناسی ارشد به مدت سه سال از هنر دور ماند. او در سال 1378 دوباره برای تحصیل در رشته‌ی نقاشی دانشگاه هنر شاهد پذیرفته و در سال 1380 از این دانشگاه فارغ‌التحصیل شد. یک سال قبل از آن با توجه به نیاز شدید تربیت معلم تبریز به معلم، به صورت آزمایشی در آن‌جا مشغول تدریس شد و سپس به تبریز بازگشت. او از سال 1380 وارد تربیت معلم سابق (دانشگاه فرهنگیان) شد و به عنوان مدرس رسمی آن‌جا فعالیت را آغاز کرد. مشفقی‌فر به مدت 15 سال در دانشگاه فرهنگیان به تدریس پرداخت و در دی‌ماه سال 1395 تقاضای بازنشستگی کرد و با اصرار او، دانشگاه درخواست بازنشستگی‌اش را پذیرفت. 

 این هنرمند تا سال 1400 یعنی به مدت 5 سال نیز به صورت حق‌التدریس با همان دانشگاه همکاری کرد. بیست سال هم با سایر دانشگاه‌های تبریز (دانشگاه هنر اسلامی، دانشگاه ملی تبریز، پیام نور، آزاد اسلامی، دانشکده فنی و حرفه‌ای الزهرا) افتخار همکاری داشت و برای همیشه تدریس در دانشگاه را کنار گذاشت و به طور مستمر به نقاشی ادامه داد. آثار اخیر یعقوب مشفقی فر به راحتی دریچه‌ای به سوی وجه آکادمیک او و دریچه‌ا‌ی دیگر به سوی زادگاه و پیرامون این هنرمند به روی ما می‌گشاید. از سویی تأثیر نگارگری ایرانی را در رنگ‌های مشفقی فر می‌بینیم و از سویی دیگر دلبسته‌ی فضای آرام، ساده و زندگی پاستورال آثارش می‌شویم. طبیعت و پیرامون آبی‌رنگ به همراه دیگر رنگ‌های شفاف و خالص در نقاشی‌های او تکراری مطلوب و چشم‌نواز دارد و به فضایی شاعرانه نزدیک می‌شود. در نهایت همه این ویژگی‌ها آثار یعقوب مشفقی‌فر را متمایز و قابل تشخیص کرده و به راحتی صفت زیبایی را به ذهن مخاطب متبادر می‌کند. این هنرمند از کودکی نقاشی را به جای نداشته‌های خود گذاشته و به این هنر پناه برده است، در نتیجه شاید امروز نیز طبیعت آبی درون نقاشی‌هایش را پناهی در مقابل زندگی ماشینی دانسته است.